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一、江苏省人民医院（全国医院排名第24名，华东区域排名第7名）；
优势科室：全国排名科室：妇女保健科、过敏反应科、风湿免疫科；国家重点科室有：内分泌代谢病中心、血液内科、心脏大血管外科；华中区域排名科室：乳腺病科、肝胆中心、肝胆外科、普通外科、胰腺中心、泌尿外科、生殖医学中心、胃肠外科中心、肝胆中心、老年呼吸科、普外科、心血管内科、呼吸与危重症医学科等；省重点科室有：肾内科、内分泌科、骨科等。
二、南京鼓楼医院（全国医院排名第25名，华中区域排名第9名）；
优势科室：全国排名科室有：妇产科、生殖中心、风湿免疫科、骨内科、男科、运动医学与成人重建外科、疼痛科、药学部等；国家重点科室有：普通外科、心血管内科等；华中区域排名科室：消化内科、内分泌科、骨科、脊柱外科等；省重点科室主要有：血液内科、心脏外科、心血管外科、神经外科、泌尿外科、肿瘤科、重症医学科等。
三、中南大学附属中大医院（全国医院排名第46名，华东区域排名第20名）；
优势科室：全国排名科室有：重症医学科、放射科等；国家重点科室有：介入与血管外科、医学影响科、药学部等；省重点科室有：心血管内科、消化内科、肾内科、呼吸内科、内分泌科、神经内科、普通外科、泌尿外科、骨科、妇产科、肿瘤科、儿科等。
四、苏州大学附属第一医院（全国医院排名第48名）；
优势科室：全国排名科室有：血液透析中心、江苏省血液研究所、血液科、输血科等；国家重点科室有：呼吸与危重症医学科、心脏大血管外科、神经外科、核医学科、护理部等；华中区域排名科室有：药学部等；省重点科室主要有：心血管内科、消化内科、肾内科、内分泌科、妇产科、感染病科、急诊科等。
五、解放军东部战区总医院〈南京大学医学院附属金陵医院〉（全国医院排名第52名，华中区域排名第19名）；
优势科室：全国排名科室：肾脏病科、放射治疗科、重症医学科等；国家重点科室有：临床检验科、临床实验中心等；华中区域排名科室无；省重点科室有：消化内科、神经内科、普通外科、心胸外科、神经外科、肿瘤内科等。
六、中国医学科学院皮肤病医院（全国医院排名第99名）；
优势科室：皮肤内科、皮肤外科均排名全国第2名，真菌科全国排名第2名。
七、徐州医科大学附属医院（国家重点科室医院）；
优势科室：国家重点科室有：神经外科、麻醉科、急诊医学科等；省重点科室主要有：泌尿外科、介入放射科、骨科、整形外科、妇产科、肿瘤科、皮肤科、儿科、耳鼻喉科、感染性疾病科等。
八、南京市第一医院（国家重点科室医院）；
优势科室：国家重点科室有：心血管内科、心血管外科、心血管超声科等；省重点科室医院有：重症医学科、泌尿外科、肿瘤内科、呼吸与危重症医学科、内分泌科、普外科等。
九、南京医科大学附属儿童医院〈儿童〉（区域重点科室专科医院）；
优势科室：华东区域排名科室：感染疾病科、心血管内科、消化科、肾脏科、呼吸科、内分泌科、神经内科、普外科、烧伤整形外科、神经外科、泌尿外科、骨科、儿科研究所、心胸外科、急诊医学科等；省重点科室有：耳鼻咽喉科等。
十、南京脑科医院（区域重点科室专科医院）；
优势科室：全国排名科室有：医学心理科、精神科、精神大科、儿童心理卫生研究所、司法精神科等；省重点科室有：神经内科、老年医学科等。
十一、江南大学附属医院（国家重点科室医院）；
优势科室：国家重点科室：消化内科等；省重点科室有：神经科、肾科等。
十二、江苏省中医药〈中医〉（国家重点科室医院）；
优势科室：国家重点科室：普外科、耳鼻喉科、消化科、针灸康复科等；省重点科室有：妇科、肿瘤内科、眼科、呼吸与危重症医学科、肛肠科、泌尿外科、男科、骨伤科、心内科、肾内科、神经内科、老年科等。
以及以下14所省重点主要科室医院：江苏省中西医结合医院、南通市中医院、徐州市中心医院、常州市第一人民医院、淮安市第一人民医院、南京市第二医院、苏州市立医院、南通大学附属医院、徐州市第一人民医院、连云港市第一人民医院、江阴市人民医院、苏北人民医院、南京医科大学第二附属医院、无锡市人民医院等。
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